| Наименование РИД |
Программа для автоматизированного анализа дифференциальной экспрессии генов и контроля качества RNA-seq данных
|
| Реферат |
Данная программа анализирует результаты секвенирования РНК и генерирует статистики качества данных, а также графики и таблицы, ассоциированные с анализом дифференциальной экспрессии генов и онтологии генов. Программа состоит из связанных между собой фрагментов кода, написанных на языках программирования bash и python3 и предназначена для анализа сырых данных, включающего стадии их тримминга, выравнивания на референсный геном hg38, группировку прочтений по типам РНК и генам, к которым они принадлежат. Также проводятся статистические анализы для определения уровней экспрессии генов и сравнения их между группами образцов, установленными пользователем. Дифференциально экспрессируемые гены аннотируются и группируются по Входными данными являются результаты высокопроизводительного секвенирования РНК в формате fastqc. В результате работы программы формируются таблицы и графики с информацией о качестве образцов и результатах анализа дифференциальной экспрессии генов и их онтологии.
|
| Возможные направления использования |
Программа может применяться пользователями высокопроизводительных секвенаторов для контроля и коррекции качества RNA-seq данных, а также для получения результатов анализа дифференциальной экспрессии генов.
|
| Количество опытных образцов |
100
|
| Количество просмотров |
26
|
| Наличие дополнительных файлов |
False
|
| Использование РИД правообладателем |
False
|
| Внешнее использование РИД |
False
|
| НИОКТР (JSON) |
{}
|
| ИКСИ (JSON) |
[]
|
| ИКСПО (JSON) |
[]
|
| ОЭСР (JSON) |
[]
|
| Дата первого статуса |
2025-12-15T14:01:51.565883+00:00
|
| Предполагаемый тип результата |
Программа для ЭВМ
|
| Ожидаемая роль |
Исполнитель
|
| Заказчик |
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
|
| Руководитель работы |
Коростин Дмитрий Олегович
|
| Руководитель организации |
Лукьянов Сергей Анатольевич
|
| Регистрационный номер НИОКТР |
125071608594-6
|
| Последний статус |
Подтверждена, 626010600075-1, 2026-01-06 16:51:18 UTC
|
| ОКПД |
Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области медицинских наук
|
| Ключевые слова |
Высокопроизводительное секвенирование,; NGS; анализ данных секвенирования; RNA-seq
|
| Исполнители |
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "РОССИЙСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.И. ПИРОГОВА" МИНИСТЕРСТВА ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
|
| Авторы |
Репинская Жанна Андреевна; Сучалко Олег Николаевич; Шмитко Анна Олеговна; Белова Вера Александровна; Коростин Дмитрий Олегович
|
| Коды тематических рубрик |
34.23.05 - Методы и аппаратура в генетике
|
| OESR |
Компьютерные, информационные науки и биоинформатика (разработка аппаратного обеспечения относится к разделу 2.2, социальный аспект относится к разделу 5.8); Технологии, связанные с выявлением функционирования ДНК, белков и ферментов и как они влияют на начало заболевания и поддержание благополучия (генная диагностика и терапевтические вмешательства (фармакогеномика, генная терапия); Генетика человека
|
| Приоритеты научно-технического развития |
в) переход к персонализированной, предиктивной и профилактической медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения, в том числе за счет рационального применения лекарственных препаратов (прежде всего антибактериальных) и использования генетических данных и технологий;
|
