| Наименование РИД |
Программа для ЭВМ «Программа для метаанализа транскриптомных данных арабидопсиса в ответ на избыточную освещенность (AraLightMeta) / The program for meta-analysis of transcriptomic data of Arabidopsis thaliana in response to high light (AraLightMeta)»
|
| Реферат |
Программа предназначена для интегративного метаанализа транскриптомных данных Arabidopsis thaliana в ответ на избыточную освещенность. Она выполняет кластеризацию экспериментов, идентификацию наиболее релевантных дифференциально экспрессирующихся генов, функциональный анализ и реконструкцию генных сетей. Программа предоставляет визуализацию результатов в виде рисунков (тепловые карты, генные сети, диаграммы обогащения) и таблиц с метаданными. Программа может быть использована в фундаментальных исследованиях устойчивости растений к световому стрессу, сравнительной транскриптомике, а также для выбора генов-кандидатов для биоинженерии и геномной селекции. При реализации программы использован ряд пакетов и функций из репозиториев Bioconductor и CRAN, а также написан ряд специализированных функций для визуализации, табличного вывода и интеграции результатов.
Тип реализующей ЭВМ: Персональная ЭВМ
Операционная система: Windows, Linux, macOS
Язык программирования: R
Объем программы: 98 Кб
|
| Возможные направления использования |
Программа для ЭВМ AraLightMeta может быть использована в биоинформатических исследованиях, посвященных идентификации генов, дифференциально экспрессирующихся в фотосинтетических тканях A. thaliana в ответ на избыточную освещенность. Её функционал позволяет проводить совместный анализ массива данных, выявляя наиболее устойчивые ассоциации транскриптомной регуляции генов и конкретного типа стресса. В отличие от универсальных биоинформатических пайплайнов (Galaxy, nf-core/rnaseq) или отдельных программных пакетов (edgeR, DESeq2, WGCNA), AraLightMeta представляет собой специализированное комплексное решение, заточенное под метаанализ транскриптомных данных ответа на избыточную освещенность у A. thaliana.
|
| Количество опытных образцов |
0
|
| Количество просмотров |
3
|
| Наличие дополнительных файлов |
False
|
| Использование РИД правообладателем |
False
|
| Внешнее использование РИД |
False
|
| НИОКТР (JSON) |
{}
|
| ИКСИ (JSON) |
[]
|
| ИКСПО (JSON) |
[]
|
| ОЭСР (JSON) |
[]
|
| Дата первого статуса |
2025-11-19T10:07:39.524026+00:00
|
| Предполагаемый тип результата |
Программа для ЭВМ
|
| Ожидаемая роль |
Исполнитель
|
| Заказчик |
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
|
| Руководитель работы |
Пискарев Вячеслав Васильевич
|
| Руководитель организации |
Кочетов Алексей Владимирович
|
| Регистрационный номер НИОКТР |
125092410706-5
|
| Последний статус |
Подтверждена, 626012300189-2, 2026-01-23 17:30:08 UTC
|
| ОКПД |
Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области сельскохозяйственных наук
|
| Ключевые слова |
программа для ЭВМ; геномная селекция; биоинженерия; световой стресс; транскриптомный анализ; реконструкция генных сетей; метаанализ
|
| Исполнители |
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ "ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК"
|
| Авторы |
Дорошков Алексей Владимирович; Зубаирова Ульяна Станиславовна; Бобровских Александр Владимирович
|
| Коды тематических рубрик |
34.03.23 - Математическая биология и теоретическое моделирование биологических процессов. Биоинформатика
|
| OESR |
Компьютерные, информационные науки и биоинформатика (разработка аппаратного обеспечения относится к разделу 2.2, социальный аспект относится к разделу 5.8)
|
| Приоритеты научно-технического развития |
г) переход к высокопродуктивному и экологически чистому агро- и аквахозяйству, разработку и внедрение систем рационального применения средств химической и биологической защиты сельскохозяйственных растений и животных, хранение и эффективную переработку сельскохозяйственной продукции, создание безопасных и качественных, в том числе функциональных, продуктов питания;
|
