Роль кластеров генов рРНК в глобальной регуляции генов при дифференцировке и раке

Название НИОКТР	Роль кластеров генов рРНК в глобальной регуляции генов при дифференцировке и раке
Аннотация	Проект основан на полученных ранее нами данных о меж-хромосомных контактах генов рРНК с генами человека, контролирующими дифференцировку и канцерогенез. Эти гены предпочтительно ко-локализуются и ко-экспрессируются с определенным набором lincRNAs. Предполагается, что ядрышки, которые образованы кластерами генов рРНК, образуют вокруг себя микрокапли (liquid-liquid phase separation condensates), содержащие активаторы либо репрессоры транскрипции. Таким образом осуществляется ко-экспрессия больших групп генов, вовлеченных в дифференцировку и канцерогенез. Планируется выявить возможную связь меж-хромосомных контактов ядрышек c изменениями в экспрессии определенных генов, включая гены lincRNAs, при формировании васкулогенной мимикрии (образование ложных сосудов, клетками меланомы линии Mel Z. Образование таких сосудов усиливает малигназацию. Будут проведены эксперименты 4С-rDNA (circular chromosome conformation capture с генами рРНК) на клетках меланомы Mel Z, растущих на пластике и необразующих ложных сосудов, и на этих же клетках, но растущих на Матригеле и формирующих фенотип “пчелиные соты” (ложные сосуды). Ранее нами было обнаружено, что формирование фенотипа васкулогенной мимикрии раковыми клетками связано с резкой активаций экспрессии генов ингибиторов дифференцировки ID1, ID2, ID3. 2024). В данном проекте будет также выяснено, как подавление экспрессии этих генов с помощью субстратов Дайсера может повлиять на образование ложных сосудов. Будет выснено, как контакты ядрышек с разными районами хромосом соотносятся с полногеномным перераспределением меток активного хроматина (H3K27ac), меток репрессированного хроматина (H3K27me3) и метилированием ДНК (будет определено с помощью MeDIP) при индуцированной эритроидной дифференцировке клеток К562. Для этого будут проведены эксперименты ChIP-Seq c антителами к этим гистонам и антителами к 5-mC. Ранее нами было обнаружено, что в дифференцирующихся клетках К562 происходит значительное подавление экспрессии гена ID3, который кодирует фактор транскрипции, выключающий действие многих других факторов транскрипции. Этот ген принадлежит к семейству генов ингибиторов дифференцировки - ID1, ID2, ID3 (Tchurikov et al., 2023). В раковых клетках Mel Z, напротив, происходит активация генов ID1, ID2, ID3 при их де-дифференцировке при росте на Матригеле. Планируется также выяснить возможную природу специфичности контактов генов рРНК. Наши данные свидетельствуют о том, что в этих контактах роль навигаторов могут играть определенные lincRNAs. В данном проекте будет изучена ассоциация lincRNAs с генами, часто контактирующими с генами рРНК в клетках HEK283T, K562, hESM01 и Mel Z. В результате для дальнейшего изучения будут отобраны конкретные lincRNAs. Мы планируем выяснить – ко-локализуются ли эти отобранные lincRNAs с ядрышками. Для этого будут проведены эксперименты FISH с мечеными пробами lincRNAs, rDNA и иммуно-окрашивание с антителами к нуклеолину и к UBF. Актуальность проекта обусловлена тем обстоятельством, что понимание основных механизмов дифференцировки и канцерогенеза важны как для фундаментальной науки, так и для медицины.
Доступ к ОКОГУ исполнителя	False
Количество связанных РИД	0
Количество завершенных ИКРБС	0
Сумма бюджета	21000.0
Дата начала	2025-06-02
Дата окончания	2027-12-31
Номер контракта	25-14-00027
Дата контракта	2025-05-30
Количество отчетов	1
УДК	577.21
Количество просмотров	14
Руководитель работы	Чуриков Николай Андреевич
Руководитель организации	Георгиева София Георгиевна
Исполнитель	Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Заказчик	Российский научный фонд
Федеральная программа	—
Госпрограмма	—
Основание НИОКТР	Грант
Последний статус	2025-06-11 13:50:21 UTC, 2025-06-11 13:50:21 UTC
ОКПД	Услуги, связанные с научными исследованиями и экспериментальными разработками в области биологических наук
Отраслевой сегмент	—
Минздрав	—
Межгосударственная целевая программа	—
Ключевые слова	онтология генов; РНК-сек,; 4С,; дифференцировка,; регуляция экспрессии генов,; меж-хромосомные контакты,; гены рРНК,; ядрышки,; структуры хромосом,; эпигенетика,
Соисполнители	—
Типы НИОКТР	Фундаментальное исследование
Приоритетные направления	—
Критические технологии	—
Рубрикатор	34.15.25 - Молекулярная биология гена; 34.15.23 - Молекулярная генетика
OECD	—
OESR	Генетика и наследственность (медицинская генетика относится к разделу 3); Биохимия и молекулярная биология
Приоритеты научно-технического развития	в) переход к персонализированной, предиктивной и профилактической медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения, в том числе за счет рационального применения лекарственных препаратов (прежде всего антибактериальных) и использования генетических данных и технологий;
Регистрационные номера	—